O Programa Áreas Protegidas da Amazônia (ARPA) foi lançado em 2002 por meio do decreto federal nº4.326 e com início operacional em 2003, o programa ARPA objetiva proteger amostras significativas da biodiversidade amazônica numa escala inédita, reunindo o estado da arte em biologia da conservação e integração participativa de comunidades locais. O ARPA apenas apoia certas categorias de unidades de conservação e não contempla terras indígenas ou área militares.
Um total de 117 unidades eram apoiadas pelo ARPA em 2012 na Amazônia brasileira. Atualmente encontra-se na terceira fase, iniciada em 2014.